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¿Cuál es la transcripción más larga que se conoce?

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¿Cuál es la transcripción funcional más larga conocida? Me pregunto sobre el empalme posterior de la longitud del ARN, por lo que no se incluyen los intrones.


Las 10 transcripciones más largas procesadas en humanos (con múltiples isoformas), de las anotaciones de gencode 19:

Longitud de la transcripción (bases) ------------------------ TTN-018 108861 <- Titin TTN-019 103988 TTN-002 101206 KCNQ1OT1-001 91666 TTN -201 82413 TTN-202 82212 TTN-003 81838 MUC16-001 43732 TSIX-001 37026 MCC-009 29616

Ignorar las isoformas (solo se muestran las isoformas más largas)

Longitud de la transcripción (bases) ------------------------ TTN-018 108861 KCNQ1OT1-001 91666 MUC16-001 43732 TSIX-001 37026 MCC-009 29616 TRAPPC9 -015 29514 SYNE1-001 27602 GRIN2B-001 27204 OBSCN-011 26811 NEB-204 26020

Titin claramente es la transcripción más larga Inhumanos

Sin embargo, esta es la lista de los genes:

Longitud del gen (Kb) ------------------------- CNTNAP2 2304.64 LSAMP 2186.93 DLG2 2169.35 DMD 2092.29 PTPRD 2084.57 MACROD2 2057.83 CSMD1 2056.87 EYS 1987.24 LRP1B 1900.28 PCDH15 1806.76 CTNNA3 1783.65 ROBO2 1740.82 RBFOX1 1691.87 NRXN3 1619.64 DAB1 1548.83 RP11-420N3.2 1536.21 PDE4D 1513.42 FHIT 1502.09 AGBL4 1491.06 CCSER1 1474.33

Top 5 en pez cebra (Zv9.75); isoformas más largas:

ttna-203 93727 <- Titin ttnb-202 82632 si: dkey-16p6.1-001 67263 syne2b-201 31867 si: dkey-30j22.1-001 29269

Top 5 en Drosophila (FlyBase r6.02); isoformas más largas:

dp-RQ 71300 <- Dumpy sls-RP 56448 <- Titin Muc14A-RA 48719 Msp300-RG 43105 Ank2-RU 42107

Top 5 en C.elegans (WormBase WS220); isoformas más largas:

W06H8.8g 55623 <- Titin K07E12.1a.2 39257 <- dig-1 ZK973.6 25608 C09D1.1b 24198 C41A3.1 23457

Top 5 en Arabidopsis (TAIR 10.23):

AT1G67120.1 16272 <- Homólogo de midasina AT3G02260.1 15451 <- Proteína similar a la calosina AT5G28263.1 15194 AT1G43060.1 14622 AT5G30269.1 14590

Top 5 en levadura (SGD):

YLR106C 14733 <- Midasin Q0045 12884 <- Subunidad I de la citocromo c oxidasa YKR054C 12279 YHR099W 11235 YDR457W 9807

Creo que un buen candidato es el gen de la titina humana. El gen en sí tiene 363 exones, dependiendo de la isoforma tiene entre 27.000 y 34.000 residuos. Esto constituye una longitud de ARNm procesada de hasta 100 kb para la isoforma de longitud completa. Consulte el artículo de Wikipedia o el que aparece a continuación para obtener más detalles:

Si está buscando la transcripción primaria más larga, entonces el gen de la distrofina humana debería ser su favorito. Tiene una longitud de aproximadamente 2,4 megabases para la transcripción primaria, la transcripción procesada tiene solo una longitud de aproximadamente 14 kb. Se necesitan aproximadamente 16 horas para transcribir y co-transcripcionalmente empalmar la secuencia. Consulte aquí para obtener más detalles:


¿Cuál es la transcripción más larga conocida? - biología

Cuando voy a fiestas, no suele pasar mucho tiempo antes de que la gente se dé cuenta de que soy científico y estudio sexo. Y luego me hacen preguntas. Y las preguntas suelen tener un formato muy particular. Empiezan con la frase "Me dijo un amigo" y luego terminan con la frase "¿Es esto cierto?" Lo siento mucho, pero no lo sé porque no soy ese tipo de médico.

Es decir, no soy clínico, soy biólogo comparado que estudia anatomía. Y mi trabajo es observar muchas especies diferentes de animales y tratar de averiguar cómo funcionan sus tejidos y órganos cuando todo va bien, en lugar de tratar de averiguar cómo arreglar las cosas cuando van mal, como muchos otros. usted. Y lo que hago es buscar similitudes y diferencias en las soluciones que han desarrollado para problemas biológicos fundamentales.

Así que hoy estoy aquí para argumentar que esta no es en absoluto una actividad esotérica de la Torre de Marfil que encontramos en nuestras universidades, pero que un estudio amplio a través de especies, tipos de tejidos y sistemas de órganos puede producir conocimientos que tienen implicaciones directas para la salud humana. Y esto es cierto tanto en mi proyecto reciente sobre las diferencias sexuales en el cerebro como en mi trabajo más maduro sobre la anatomía y función de los penes. Y ahora sabes por qué me divierto en las fiestas.

Así que hoy les voy a dar un ejemplo extraído de mi estudio del pene para mostrarles cómo el conocimiento extraído de los estudios de un sistema de órganos proporcionó información sobre uno muy diferente. Ahora estoy seguro, como todos en la audiencia ya saben, tuve que explicárselo a mi hijo de nueve años a fines de la semana pasada, los penes son estructuras que transfieren esperma de un individuo a otro. Y el deslizamiento detrás de mí apenas rasca la superficie de cuán extendidos están en los animales. Hay una enorme cantidad de variación anatómica. Encontrarás tubos musculares, piernas modificadas, aletas modificadas, así como el cilindro inflable y carnoso de mamífero con el que todos estamos familiarizados, o al menos la mitad de ustedes.

Y creo que vemos esta tremenda variación porque es una solución realmente eficaz para un problema biológico muy básico, y es conseguir que los espermatozoides estén en condiciones de encontrarse con los óvulos y formar cigotos. Ahora, el pene no es realmente necesario para la fertilización interna, pero cuando la fertilización interna evoluciona, a menudo le siguen los penes.

Y la pregunta que recibo cuando empiezo a hablar de esto con más frecuencia es: "¿Qué hizo que se interesara en este tema?" Y la respuesta es esqueletos. No pensarías que los esqueletos y los penes tienen mucho que ver entre sí. Y eso es porque tendemos a pensar en los esqueletos como sistemas de palanca rígida que producen velocidad o potencia. Y mis primeras incursiones en la investigación biológica, haciendo paleontología de dinosaurios como estudiante, fueron realmente en ese ámbito.

Pero cuando fui a la escuela de posgrado para estudiar biomecánica, realmente quería encontrar un proyecto de tesis que expandiera nuestro conocimiento de la función esquelética. Probé un montón de cosas diferentes. Mucho de eso no funcionó. Pero un día empecé a pensar en el pene de los mamíferos. Y es realmente una estructura extraña. Antes de que pueda usarse para la fertilización interna, su comportamiento mecánico debe cambiar de una manera realmente dramática. La mayoría de las veces es un órgano flexible. Es fácil de doblar. Pero antes de que se ponga en uso durante la cópula, tiene que volverse rígido, tiene que volverse difícil de doblar. Y además, tiene que funcionar. Un sistema reproductivo que no funciona produce un individuo que no tiene descendencia, y ese individuo es expulsado del acervo genético.

Entonces pensé: "Aquí hay un problema que simplemente pide a gritos un sistema esquelético, no uno como este, sino uno como este", porque, funcionalmente, un esqueleto es cualquier sistema que soporta tejidos y transmite fuerzas. Y ya sabía que los animales como esta lombriz de tierra, de hecho la mayoría de los animales, no sostienen sus tejidos cubriéndolos con los huesos. En cambio, son más como globos de agua reforzados. Usan un esqueleto que llamamos esqueleto hidrostático. Y un esqueleto hidrostático utiliza dos elementos. El soporte esquelético proviene de una interacción entre un fluido presurizado y una pared de tejido circundante que se mantiene en tensión y se refuerza con proteínas fibrosas. Y la interacción es crucial. Sin ambos elementos no tienes soporte. Si tiene líquido sin una pared que lo rodee y mantenga la presión, tiene un charco. Y si solo tiene la pared sin líquido dentro de ella para poner la pared en tensión, tiene un trapo mojado.

Cuando miras un pene en sección transversal, tiene muchas de las características de un esqueleto hidrostático. Tiene un espacio central de tejido eréctil esponjoso que se llena de líquido, en este caso sangre, rodeado por una pared de tejido rico en una proteína estructural rígida llamada colágeno.

Pero en el momento en que comencé este proyecto, la mejor explicación que pude encontrar para la erección penal fue que la pared rodeaba estos tejidos esponjosos, y los tejidos esponjosos llenos de sangre y presión aumentaron y ¡voilá! se puso erecto.

Y eso me explicó la expansión, tenía sentido: más fluido, se obtienen tejidos que se expanden, pero en realidad no explica la erección. Porque no había ningún mecanismo en esta explicación para hacer que esta estructura fuera difícil de doblar. Y nadie había mirado sistemáticamente el tejido de la pared. Entonces pensé, el tejido de la pared es importante en los esqueletos. Tiene que ser parte de la explicación.

Y este fue el punto en el que mi asesor graduado dijo: "¡Guau! Esperar. Más despacio. ”Porque después de unos seis meses de hablar de esto, creo que finalmente se dio cuenta de que yo hablaba en serio sobre el asunto del pene.

Así que me sentó y me advirtió. Me dijo: "Ten cuidado al seguir este camino. "No estoy seguro de que este proyecto vaya a funcionar". Porque tenía miedo de que me metiera en una trampa. Estaba respondiendo una pregunta socialmente vergonzosa con una respuesta que él pensó que podría no ser particularmente interesante. Y eso se debía a que cada esqueleto hidrostático que habíamos encontrado en la naturaleza hasta ese momento tenía los mismos elementos básicos. Tenía el fluido central, tenía la pared circundante y las fibras de refuerzo en la pared estaban dispuestas en hélices cruzadas alrededor del eje largo del esqueleto.

Entonces, la imagen detrás de mí muestra un trozo de tejido en uno de estos esqueletos helicoidales cruzados cortados para que estés mirando la superficie de la pared. La flecha le muestra el eje largo. Y puedes ver dos capas de fibras, una en azul y otra en amarillo, dispuestas en ángulos para diestros y zurdos. Y si no estuvieras mirando solo una pequeña sección de las fibras, esas fibras irían en hélices alrededor del eje largo del esqueleto, algo así como una trampa de dedos china, donde introduces los dedos y se atascan.

Y estos esqueletos tienen un conjunto particular de comportamientos, que voy a demostrar en una película. Es un modelo de esqueleto que hice con un trozo de tela que envolví alrededor de un globo inflado. La tela corta al bies. Entonces puede ver que las fibras se envuelven en hélices, y esas fibras pueden reorientarse a medida que el esqueleto se mueve, lo que significa que el esqueleto es flexible. Se alarga, se acorta y se dobla con mucha facilidad en respuesta a fuerzas internas o externas.

Ahora, la preocupación de mi asesor era qué pasa si el tejido de la pared del pene es el mismo que cualquier otro esqueleto hidrostático. ¿Qué vas a aportar? ¿Qué novedades aportas a nuestro conocimiento de la biología? Y pensé: "Sí, tiene un buen punto aquí". Así que pasé mucho, mucho tiempo pensando en ello. Y una cosa seguía molestándome, y es que, cuando están funcionando, los penes no se mueven. (Risas) Así que algo interesante tenía que estar sucediendo.

Así que seguí adelante, recogí tejido de la pared, lo preparé para que estuviera erecto, lo seccioné, lo puse en portaobjetos y luego lo puse bajo el microscopio para echar un vistazo, esperando ver hélices cruzadas de colágeno de alguna variedad. Pero en cambio vi esto. Hay una capa exterior y una capa interior. La flecha le muestra el eje largo del esqueleto.

Me sorprendió mucho esto. Todos a los que les mostré estaban realmente sorprendidos por esto. ¿Por qué todos se sorprendieron de esto? Eso es porque sabíamos teóricamente que había otra forma de disponer las fibras en un esqueleto hidrostático, y era con fibras a cero grados y 90 grados al eje largo de la estructura. La cosa es que nadie lo había visto antes en la naturaleza. Y ahora estaba mirando uno.

Esas fibras en esa orientación particular le dan al esqueleto un comportamiento muy, muy diferente. Voy a mostrar un modelo hecho exactamente con los mismos materiales. Por lo tanto, estará hecho de la misma tela de algodón, el mismo globo y la misma presión interna. Pero la única diferencia es que las fibras están dispuestas de manera diferente. Y verá que, a diferencia del modelo de hélice cruzada, este modelo resiste la extensión y la contracción y resiste la flexión.

Ahora, lo que eso nos dice es que los tejidos de la pared están haciendo mucho más que solo cubrir los tejidos vasculares. Son una parte integral del esqueleto del pene. Si la pared alrededor del tejido eréctil no estuviera allí, si no estuviera reforzada de esta manera, la forma cambiaría, pero el pene inflado no resistiría doblarse y la erección simplemente no funcionaría.

También es una observación con aplicaciones médicas obvias en humanos, pero también es relevante en un sentido amplio, creo, para el diseño de prótesis, robots blandos, básicamente cualquier cosa donde los cambios de forma y rigidez sean importantes.

Entonces, para resumir: hace veinte años, un asesor universitario me dijo, cuando fui a la universidad y me dijo: "Estoy un poco interesado en la anatomía", dijeron: "La anatomía es una ciencia muerta". 39t se ha equivocado más. Realmente creo que todavía tenemos mucho que aprender sobre la estructura y función normales de nuestros cuerpos. No solo sobre su genética y biología molecular, sino aquí en el extremo de la carne de la escala. Tenemos límites en nuestro tiempo. A menudo nos enfocamos en una enfermedad, un modelo, un problema, pero mi experiencia sugiere que deberíamos tomarnos el tiempo para aplicar las ideas de manera amplia entre sistemas y simplemente ver a dónde nos lleva. Después de todo, si las ideas sobre los esqueletos de invertebrados pueden darnos una idea sobre los sistemas reproductivos de los mamíferos, podría haber muchas otras conexiones salvajes y productivas acechando esperando ser encontradas.


Contenido

Los ácidos nucleicos fueron descubiertos por primera vez en 1868 por Friedrich Miescher [10] y en 1939 el ARN estaba implicado en la síntesis de proteínas. [11] Dos décadas más tarde, Francis Crick predijo un componente de ARN funcional que mediaba la traducción y razonó que el ARN se adapta mejor al par de bases con una transcripción de ARNm que con un polipéptido puro. [12]

El primer ARN no codificante que se caracterizó fue un ARNt de alanina que se encuentra en la levadura de panadería, su estructura se publicó en 1965. [13] Para producir una muestra de ARNt de alanina purificada, Robert W. Holley et al. usó 140 kg de levadura de panadería comercial para obtener solo 1 g de ARNt Ala purificado para el análisis. [14] El tRNA de 80 nucleótidos se secuenció al ser digerido primero con ribonucleasa pancreática (que produce fragmentos que terminan en citosina o uridina) y luego con takadiastasa ribonucleasa Tl (que produce fragmentos que terminan con guanosina). La cromatografía y la identificación de los extremos 5 'y 3' ayudaron a organizar los fragmentos para establecer la secuencia de ARN. [14] De las tres estructuras propuestas originalmente para este ARNt, [13] la estructura de 'hoja de trébol' se propuso de forma independiente en varias publicaciones siguientes. [15] [16] [17] [18] La estructura secundaria de la hoja de trébol se finalizó después de un análisis de cristalografía de rayos X realizado por dos grupos de investigación independientes en 1974. [19] [20]

A continuación se descubrió el ARN ribosómico, seguido del URNA a principios de la década de 1980. Desde entonces, el descubrimiento de nuevos ARN no codificantes ha continuado con snoRNA, Xist, CRISPR y muchos más. [21] Las adiciones notables recientes incluyen riboswitches y miRNA. El descubrimiento del mecanismo de RNAi asociado con este último le valió a Craig C. Mello y Andrew Fire el Premio Nobel de Fisiología o Medicina de 2006. [22]

Los descubrimientos recientes de ncRNA se han logrado mediante métodos tanto experimentales como bioinformáticos.

Los ARN no codificantes pertenecen a varios grupos y están involucrados en muchos procesos celulares. Estos van desde ncRNA de importancia central que se conservan en toda o la mayor parte de la vida celular hasta ncRNA más transitorios específicos de una o unas pocas especies estrechamente relacionadas. Se cree que los ncRNA más conservados son fósiles moleculares o reliquias del último ancestro común universal y del mundo del ARN, y sus funciones actuales siguen siendo principalmente en la regulación del flujo de información del ADN a la proteína. [23] [24] [25]

En traducción Editar

Muchos de los ncRNA conservados, esenciales y abundantes están implicados en la traducción. Las partículas de ribonucleoproteína (RNP) llamadas ribosomas son las 'fábricas' donde tiene lugar la traducción en la célula. El ribosoma consta de más del 60% de ARN ribosómico, estos están compuestos por 3 ncRNA en procariotas y 4 ncRNA en eucariotas. Los ARN ribosomales catalizan la traducción de secuencias de nucleótidos a proteínas. Otro conjunto de ncRNA, Transfer RNA, forma una "molécula adaptadora" entre el mRNA y la proteína. Los snoRNA de la caja H / ACA y la caja C / D son ncRNA que se encuentran en arqueas y eucariotas. La RNasa MRP está restringida a eucariotas. Ambos grupos de ncRNA están involucrados en la maduración del rRNA. Los snoRNAs guían modificaciones covalentes de rRNA, tRNA y snRNAs RNase MRP escinde el espaciador transcrito interno 1 entre los rRNAs 18S y 5.8S. El ubicuo ncRNA, RNase P, es un pariente evolutivo de RNase MRP. [27] La ​​ARNasa P madura las secuencias de ARNt generando extremos 5 'maduros de ARNt mediante la escisión de los elementos líderes en 5' de los ARNt precursores. Otro RNP ubicuo llamado SRP reconoce y transporta proteínas nacientes específicas al retículo endoplásmico en eucariotas y la membrana plasmática en procariotas. En bacterias, el ARN mensajero de transferencia (ARNtm) es un RNP involucrado en rescatar ribosomas estancados, etiquetar polipéptidos incompletos y promover la degradación del ARNm aberrante. [ cita necesaria ]

En empalme de ARN Editar

En eucariotas, el espliceosoma realiza las reacciones de corte y empalme esenciales para eliminar las secuencias de intrones, este proceso es necesario para la formación de ARNm maduro. El espliceosoma es otro RNP a menudo también conocido como snRNP o tri-snRNP. Hay dos formas diferentes del espliceosoma, la forma mayor y la menor. Los componentes del ARNc del principal espliceosoma son U1, U2, U4, U5 y U6. Los componentes de ncRNA del espliceosoma menor son U11, U12, U5, U4atac y U6atac. [ cita necesaria ]

Otro grupo de intrones puede catalizar su propia eliminación de las transcripciones del hospedador, estos se denominan ARN autoempalmes. Hay dos grupos principales de ARN auto-empalmados: intrón catalítico del grupo I e intrón catalítico del grupo II. Estos ncRNA catalizan su propia escisión de precursores de mRNA, tRNA y rRNA en una amplia gama de organismos. [ cita necesaria ]

En los mamíferos se ha descubierto que los snoRNA también pueden regular el empalme alternativo del mRNA, por ejemplo, el snoRNA HBII-52 regula el empalme del receptor de serotonina 2C. [28]

En los nematodos, el ncRNA SmY parece estar involucrado en el empalme trans de mRNA. [ cita necesaria ]

En la replicación del ADN Editar

Los ARN Y son bucles madre, necesarios para la replicación del ADN a través de interacciones con la cromatina y las proteínas de iniciación (incluido el complejo de reconocimiento de origen). [30] [31] También son componentes de la partícula de ribonucleoproteína Ro60 [32], que es un objetivo de los anticuerpos autoinmunitarios en pacientes con lupus eritematoso sistémico. [33]

En regulación genética Editar

La expresión de muchos miles de genes está regulada por ncRNA. Esta regulación puede ocurrir en trans o en cis.Existe una evidencia creciente de que un tipo especial de ncRNA llamados ARN potenciadores, transcritos de la región potenciadora de un gen, actúan para promover la expresión génica. [ cita necesaria ]

Trans-actuando Editar

En eucariotas superiores, los microARN regulan la expresión génica. Un solo miARN puede reducir los niveles de expresión de cientos de genes. El mecanismo por el cual actúan las moléculas de miARN maduras es mediante complementación parcial de una o más moléculas de ARN mensajero (ARNm), generalmente en 3 'UTR. La función principal de los miARN es regular a la baja la expresión génica.

También se ha demostrado que el ncRNA RNase P influye en la expresión génica. En el núcleo humano, la ARNasa P es necesaria para la transcripción normal y eficaz de varios ARNc transcritos por la ARN polimerasa III. Estos incluyen los genes tRNA, 5S rRNA, SRP RNA y U6 snRNA. La ARNasa P ejerce su papel en la transcripción a través de la asociación con Pol III y cromatina de genes activos de ARNt y ARNr 5S. [34]

Se ha demostrado que el ARN 7SK, un ARNn de metazoos, actúa como regulador negativo del factor de elongación de la ARN polimerasa II P-TEFb, y que esta actividad está influenciada por las vías de respuesta al estrés. [ cita necesaria ]

El ncRNA bacteriano, 6S RNA, se asocia específicamente con la holoenzima de la RNA polimerasa que contiene el factor de especificidad sigma70. Esta interacción reprime la expresión de un promotor dependiente de sigma70 durante la fase estacionaria. [ cita necesaria ]

Otro ncRNA bacteriano, OxyS RNA reprime la traducción uniéndose a secuencias de Shine-Dalgarno ocluyendo así la unión de ribosomas. El ARN de OxyS se induce en respuesta al estrés oxidativo en Escherichia coli. [ cita necesaria ]

El ARN B2 es un pequeño transcrito de ARN polimerasa III no codificante que reprime la transcripción del ARNm en respuesta al choque térmico en células de ratón. El ARN B2 inhibe la transcripción uniéndose al núcleo Pol II. A través de esta interacción, el ARN B2 se ensambla en complejos de preiniciación en el promotor y bloquea la síntesis de ARN. [35]

Un estudio reciente ha demostrado que solo el acto de transcripción de la secuencia de ncRNA puede influir en la expresión génica. La transcripción de ARN polimerasa II de ncRNA es necesaria para la remodelación de la cromatina en Schizosaccharomyces pombe. La cromatina se convierte progresivamente en una configuración abierta, a medida que se transcriben varias especies de ncRNA. [36]

Actuación cis Editar

Varios ARNc están incrustados en las 5 'UTR (regiones no traducidas) de genes que codifican proteínas e influyen en su expresión de diversas formas. Por ejemplo, un riboswitch puede unirse directamente a una pequeña molécula diana; la unión de la diana afecta la actividad del gen. [ cita necesaria ]

Las secuencias líder de ARN se encuentran cadena arriba del primer gen de operones biosintéticos de aminoácidos. Estos elementos de ARN forman una de dos posibles estructuras en regiones que codifican secuencias peptídicas muy cortas que son ricas en el aminoácido producto final del operón. Se forma una estructura de terminación cuando hay un exceso del aminoácido regulador y no se impide el movimiento del ribosoma sobre la transcripción líder. Cuando hay una deficiencia del ARNt cargado del aminoácido regulador, el ribosoma que traduce el péptido líder se detiene y se forma la estructura antiterminador. Esto permite que la ARN polimerasa transcriba el operón. Los líderes de ARN conocidos son el líder del operón de histidina, el líder del operón de leucina, el líder del operón de treonina y el líder del operón de triptófano. [ cita necesaria ]

Los elementos de respuesta al hierro (IRE) están unidos por proteínas de respuesta al hierro (IRP). El IRE se encuentra en UTR de varios ARNm cuyos productos están involucrados en el metabolismo del hierro. Cuando la concentración de hierro es baja, los IRP se unen al ARNm de ferritina IRE que conduce a la represión de la traducción. [ cita necesaria ]

Los sitios de entrada de ribosomas internos (IRES) son estructuras de ARN que permiten el inicio de la traducción en medio de una secuencia de ARNm como parte del proceso de síntesis de proteínas. [ cita necesaria ]

En defensa del genoma Editar

Los ARN que interactúan con Piwi (piRNA) expresados ​​en testículos de mamíferos y células somáticas forman complejos ARN-proteína con proteínas Piwi. Estos complejos piRNA (piRC) se han relacionado con el silenciamiento génico transcripcional de retrotransposones y otros elementos genéticos en las células de la línea germinal, en particular las de la espermatogénesis.

Las repeticiones palindrómicas cortas agrupadas regularmente interespaciadas (CRISPR) son repeticiones que se encuentran en el ADN de muchas bacterias y arqueas. Las repeticiones están separadas por espaciadores de longitud similar. Se ha demostrado que estos espaciadores pueden derivarse de fagos y, posteriormente, ayudar a proteger la célula de la infección.

Estructura cromosómica Editar

La telomerasa es una enzima RNP que agrega repeticiones de secuencias de ADN específicas ("TTAGGG" en los vertebrados) a las regiones teloméricas, que se encuentran en los extremos de los cromosomas eucariotas. Los telómeros contienen material de ADN condensado, lo que da estabilidad a los cromosomas. La enzima es una transcriptasa inversa que transporta ARN de telomerasa, que se utiliza como plantilla cuando alarga los telómeros, que se acortan después de cada ciclo de replicación.

Xist (transcripción específica de X-inactivo) es un gen ncRNA largo en el cromosoma X de los mamíferos placentarios que actúa como efector principal del proceso de inactivación del cromosoma X que forma los cuerpos de Barr. Un ARN antisentido, Tsix, es un regulador negativo de Xist. Los cromosomas X que carecen de expresión de Tsix (y por lo tanto tienen altos niveles de transcripción de Xist) se inactivan con más frecuencia que los cromosomas normales. En las drosofílidas, que también utilizan un sistema de determinación del sexo XY, los ARN roX (ARN en el X) participan en la compensación de la dosis. [37] Tanto Xist como roX operan mediante la regulación epigenética de la transcripción mediante el reclutamiento de enzimas modificadoras de histonas.

ARN bifuncional editar

ARN bifuncionales, o ARN de doble función, son ARN que tienen dos funciones distintas. [38] [39] La mayoría de los ARN bifuncionales conocidos son ARNm que codifican tanto una proteína como ncRNA. Sin embargo, un número creciente de ncRNA se clasifica en dos categorías diferentes de ncRNA, por ejemplo, snoRNA de caja H / ACA y miRNA. [40] [41]

Dos ejemplos bien conocidos de ARN bifuncionales son ARN SgrS y ARNIII. Sin embargo, se sabe que existen algunos otros ARN bifuncionales (p. Ej., Activador del receptor de esteroides / SRA, [42] ARN VegT, [43] [44] ARN de Oskar, [45] ENOD40, [46] ARN p53 [47] y ARN SR1. [48] Los ARN bifuncionales han sido recientemente el tema de un número especial de Biochimie. [49]

Como hormona Editar

Existe un vínculo importante entre ciertos ARN no codificantes y el control de las vías reguladas por hormonas. En Drosophila, hormonas como la ecdisona y la hormona juvenil pueden promover la expresión de ciertos miARN. Además, esta regulación ocurre en distintos puntos temporales dentro de C. elegans desarrollo. [50] En los mamíferos, miR-206 es un regulador crucial del receptor alfa de estrógeno. [51]

Los ARN no codificantes son cruciales en el desarrollo de varios órganos endocrinos, así como en enfermedades endocrinas como la diabetes mellitus. [52] Específicamente en la línea celular MCF-7, la adición de 17β-estradiol aumentó la transcripción global de los ARN no codificantes llamados lncRNA cerca de los genes codificantes activados por estrógenos. [53]

En evitación patógena Editar

C. elegans se demostró que aprende y hereda la evitación de patógenos después de la exposición a un solo ARN no codificante de un patógeno bacteriano. [54] [55]

Al igual que ocurre con las proteínas, las mutaciones o los desequilibrios en el repertorio de ncRNA dentro del cuerpo pueden causar una variedad de enfermedades.

Cáncer Editar

Muchos ncRNA muestran patrones de expresión anormales en tejidos cancerosos. [5] Estos incluyen miRNA, ncRNA similares a mRNA largos, [56] [57] GAS5, [58] SNORD50, [59] RNA de telomerasa y RNA Y. [60] Los miARN están involucrados en la regulación a gran escala de muchos genes codificadores de proteínas, [61] [62] los ARN Y son importantes para el inicio de la replicación del ADN, [30] ARN de telomerasa que sirve como cebador para la telomerasa, un RNP que extiende las regiones teloméricas en los extremos de los cromosomas (consulte Telómeros y enfermedad para obtener más información). La función directa de los ncRNA similares a ARNm largos es menos clara.

Se ha demostrado que las mutaciones de la línea germinal en los precursores primarios de miR-16-1 y miR-15 son mucho más frecuentes en pacientes con leucemia linfocítica crónica en comparación con las poblaciones de control. [63] [64]

Se ha sugerido que un SNP poco común (rs11614913) que se superpone a has-mir-196a2 se ha asociado con el carcinoma de pulmón de células no pequeñas. [65] Del mismo modo, una pantalla de 17 miARN que se ha predicho que regulan una serie de genes asociados con el cáncer de mama encontró variaciones en los microARN miR-17 y miR-30c-1 de las pacientes que no eran portadoras de mutaciones BRCA1 o BRCA2, lo que posibilidad de que el cáncer de mama familiar pueda ser causado por la variación en estos miARN. [66] El supresor de tumores p53 es posiblemente el agente más importante para prevenir la formación y progresión de tumores. La proteína p53 funciona como un factor de transcripción con un papel crucial en la orquestación de la respuesta al estrés celular. Además de su papel crucial en el cáncer, p53 se ha implicado en otras enfermedades como diabetes, muerte celular después de isquemia y diversas enfermedades neurodegenerativas como Huntington, Parkinson y Alzheimer. Los estudios han sugerido que la expresión de p53 está sujeta a regulación por ARN no codificante. [4]

Otro ejemplo de ARN no codificante desregulado en células cancerosas es el ARN no codificante largo Linc00707. Linc00707 está regulado positivamente y esponja miARN en células madre mesenquimatosas derivadas de la médula ósea humana, [67] en carcinoma hepatocelular, [68] cáncer gástrico [69] o cáncer de mama, [70] [71] y por lo tanto promueve la osteogénesis, contribuye al carcinoma hepatocelular progresión, promueve la proliferación y la metástasis, o regula indirectamente la expresión de proteínas implicadas en la agresividad del cáncer, respectivamente.

Síndrome de Prader-Willi Editar

Se ha demostrado que la supresión de las 48 copias de la caja C / D snoRNA SNORD116 es la causa principal del síndrome de Prader-Willi. [72] [73] [74] [75] Prader-Willi es un trastorno del desarrollo asociado con la sobrealimentación y las dificultades de aprendizaje. SNORD116 tiene sitios diana potenciales dentro de varios genes que codifican proteínas y podría tener un papel en la regulación del corte y empalme alternativo. [76]

Autismo Editar

El locus cromosómico que contiene el pequeño grupo de genes de ARN nucleolar SNORD115 se ha duplicado en aproximadamente el 5% de los individuos con rasgos autistas. [77] [78] Un modelo de ratón diseñado para tener una duplicación del grupo SNORD115 muestra un comportamiento similar al autista. [79] Un pequeño estudio reciente de tejido cerebral post-mortem demostró una expresión alterada de ARN largos no codificantes en la corteza prefrontal y el cerebelo de cerebros autistas en comparación con los controles. [80]

Hipoplasia cartílago-cabello Editar

Se ha demostrado que las mutaciones dentro de la RNasa MRP causan hipoplasia del cartílago y el cabello, una enfermedad asociada con una variedad de síntomas como baja estatura, cabello escaso, anomalías esqueléticas y un sistema inmunológico debilitado que es frecuente entre los amish y los finlandeses. [81] [82] [83] La variante mejor caracterizada es una transición de A a G en el nucleótido 70 que se encuentra en una región de bucle con dos bases en 5 'de un pseudonudo conservado. Sin embargo, muchas otras mutaciones dentro de la ARNasa MRP también causan CHH.

Enfermedad de Alzheimer Editar

El ARN antisentido, BACE1-AS se transcribe desde la hebra opuesta a BACE1 y se regula al alza en pacientes con enfermedad de Alzheimer. [84] BACE1-AS regula la expresión de BACE1 aumentando la estabilidad del ARNm de BACE1 y generando BACE1 adicional a través de un mecanismo de retroalimentación postranscripcional. Por el mismo mecanismo también aumenta las concentraciones de beta amiloide, el principal componente de las placas seniles. Las concentraciones de BACE1-AS están elevadas en sujetos con enfermedad de Alzheimer y en ratones transgénicos de proteína precursora amiloide.

MiR-96 y pérdida auditiva Editar

La variación dentro de la región de la semilla del miR-96 maduro se ha asociado con una pérdida auditiva progresiva autosómica dominante en humanos y ratones. Los ratones mutantes homocigotos eran profundamente sordos y no mostraban respuestas cocleares. Los ratones heterocigotos y los humanos pierden progresivamente la capacidad de oír. [85] [86] [87]

Los científicos han comenzado a distinguir ARN funcional (ARNf) de ncRNA, para describir regiones funcionales a nivel de RNA que pueden o no ser transcripciones de RNA independientes. [88] [89] [90] Esto implica que el ARNf (como los riboconmutadores, los elementos SECIS y otras regiones reguladoras cis) no es ARNc. Sin embargo, el ARNf también podría incluir ARNm, ya que es ARN que codifica proteínas y, por lo tanto, es funcional. Además, los ARN evolucionados artificialmente también se incluyen en el término genérico de ARNf. Algunas publicaciones [21] afirman que ncRNA y ARNf son casi sinónimos, sin embargo, otros han señalado que una gran proporción de ncRNA anotados probablemente no tienen función. [8] [9] También se ha sugerido utilizar simplemente el término ARN, dado que la distinción de un ARN que codifica una proteína (ARN mensajero) ya está dada por el calificador ARNm. [91] Esto elimina la ambigüedad al abordar un gen que "codifica un ARN no codificante". Además, puede haber una serie de ncRNA que se mencionan incorrectamente en la literatura y los conjuntos de datos publicados. [92] [93] [94]


¿Cuál es la transcripción más larga conocida? - biología

Buenos dias. Soy un biólogo celular de RIKEN Yokohama. Hoy les voy a hablar de la basura. ¡Gomi! Si. La basura puede considerarse algo inútil o que no sirve para nada. Dejame darte un ejemplo. Un alimento que se considera que tiene muy poco valor nutricional, lo llamamos comida chatarra. O abres nuestro buzón de correos y encuentras montones de anuncios, a eso lo llamamos correo basura. Pero es posible que se pregunte por qué un científico le va a contar sobre la basura hoy. No voy a hablar de basura ordinaria, sino de basura que se encuentra dentro de nuestro ADN.

El ADN se puede encontrar dentro de nuestras células y son los planos de la vida. El ADN contiene toda la información genética que nos ayuda a comenzar la vida, mantener nuestra vida, proteger nuestra vida e incluso terminar con nuestra vida. Pero hay un misterio escondido detrás de nuestro ADN. Todos estos procesos que les acabo de describir están controlados por genes. Pero nuestros genes solo se pueden encontrar en el 2% de nuestro ADN.

Pero hay más. Si tuvieras que tomar ADN y extraerlo de tu célula de una sola célula de tu cuerpo, y estiras tu ADN tanto como puedas, eso puede ser de hasta dos metros de largo. Lo que es más sorprendente es que si tomara ADN de todas las células de nuestro cuerpo humano, las combinara todas juntas y lo estirara lo más que pudiera, iría de esta tierra al sol y viceversa 200 veces. . Esa es la cantidad de ADN que llevamos dentro de nuestro cuerpo.

Pero como dije, este 2% solo se puede encontrar para describir la parte más importante de los controles genéticos en nuestra vida. Te preguntarás qué tal este 98% restante, estas regiones no codificantes de nuestro ADN. Durante mucho tiempo, desde la década de 1970, muchos científicos pensaron que esta parte de nuestro ADN se consideraba basura o inútil. Y eso realmente me despertó la curiosidad porque cuando escuché esto por primera vez como estudiante de secundaria en la clase de biología, algo no se sentía realmente bien. Sabes, no me sentía bien por llevar toda esta basura en mi cuerpo, y algo tenía que ser más que inutilidad. Entonces, eso realmente me dio curiosidad y quiero aventurarme en mi investigación. Quería entender qué se esconde detrás de esta parte de nuestro ADN.

Durante los últimos años, nuestro laboratorio y muchos otros laboratorios de todo el mundo han descubierto

que hay mucha más información oculta en esta área de lo que se pensaba anteriormente. El ADN en realidad no es lineal bidimensional. Pero dentro de nuestras células, en realidad pueden formar interacciones tridimensionales. Y lo que se ha demostrado es que estas regiones no codificantes de nuestro ADN están en estrecho contacto con las regiones codificantes de proteínas para regular la expresión génica. Pueden encender o apagar el gen. Lo que es mucho más interesante es que muchas de las mutaciones, los cambios que ocurren en nuestro ADN y que pueden causar enfermedades, también se encuentran en esta región no codificante de nuestro ADN. Mutaciones que pueden causar cáncer, enfermedades autoinmunes, Alzheimer o Parkinson, estas mutaciones se encuentran en las regiones de ADN no codificantes y en realidad están interfiriendo [con] el control de los genes centrales para la vida. Y por estas mutaciones, estamos encontrando consecuencias muy devastadoras en nuestras actividades diarias. Rápidamente nos dimos cuenta de que para comprender el alcance total de nuestra vida, debemos mirar más allá de este 2% y explorar lo desconocido. Hay más que quiero compartirles hoy.

El ADN no solo puede generar ARN. Entonces, el ARN es una parte muy central de nuestro proceso, y el ARN puede considerarse como un primo de nuestro ADN. Lo que se ha sabido es que se requiere ARN para producir proteínas. Pero nos hemos dado cuenta de que en estas regiones no codificantes de nuestro ADN, también pueden generar ARN. Pero lo único de esto es que este ARN no produce proteínas. Entonces, debe haber algo más que esta proteína esté haciendo. Para comprender este ARN no codificante, muchos laboratorios de todo el mundo, incluidos nosotros mismos, hemos comenzado a caracterizarlos.

Permítanme darles un par de ejemplos de lo que realmente puede hacer el ARN no codificante. Una de las cosas que puede hacer es actuar como conector. Puede unir dos proteínas para formar un complejo simple. Puedes imaginarlo como un tren Shinkansen. Tiene dos vagones de tren y necesita un pequeño conector en el medio para unir estos dos vagones. Así, estos ARN no codificantes pueden unir dos proteínas. Por lo tanto, estas proteínas pueden ser funcionales dentro de nuestras células. Otro ejemplo de este ARN no codificante es que puede actuar como un sistema GPS. Este ARN no codificante contiene un código postal en el código genético, que ayudará a sus proteínas a navegar dentro de las células y las dirigirá al lugar donde deben ir. Estos nuevos mecanismos que estamos descubriendo sobre este ARN no codificante están reconstruyendo una nueva biología dentro de nuestras células que no conocíamos antes. Y debido a estas vías, también estamos descubriendo nuevas formas de encontrar soluciones con fines terapéuticos. Nos estamos dando cuenta de que estos ARN no codificantes son mucho más que basura, que en realidad son los centros de control de nuestro ADN y regulan muchos procesos que no conocíamos antes. Para comprender verdaderamente el plano de la vida, tenemos que mirar más allá y comenzar a explorar más lo que se esconde en estas regiones.

Aunque solo destaqué dos ejemplos hoy, gracias al esfuerzo colectivo de nuestro laboratorio y en todo el mundo, descubrimos de hecho 25.000 o más de estos tipos de ARN no codificantes. Y solo conocemos una fracción muy pequeña de estos ARN no codificantes y sus funciones. Entonces, solo estamos rascando la superficie del iceberg. Para comprender la complejidad total de nuestra vida, debemos sumergirnos profundamente y explorar este territorio inexplorado. Para lograr esto y comprender la caracterización completa del ARN largo no codificante en las células, hemos iniciado un nuevo proyecto.

Uno de los objetivos es construir, para lograrlo, mediante la construcción de un sistema robótico que pueda realizar un cribado de alto rendimiento.Lo que hace es que podemos eliminar estos ARN no codificantes de nuestras células, uno por uno. Y puede usar secuenciadores de ADN para medir cuáles son los genes que se encienden y apagan dentro de las células. Solo para ilustrar esta idea, imagine un automóvil compuesto por múltiples componentes. Estos componentes pueden ser sus volantes, pedales de freno o tuercas y tornillos, que componen el automóvil. Mientras el automóvil está en movimiento, comienza a quitar un componente a la vez. ¿Qué le pasará a un coche? ¿Se alejará? ¿Se sentiría seguro el conductor? Al medir estas actividades, podemos comprender cuán importante puede ser este componente dentro del automóvil. Así que, de la misma manera, estamos usando un enfoque similar en el que eliminamos un ARN no codificante a la vez dentro de la célula, para comprender cuán importante es un ARN no codificante en particular para la composición de las células. Durante los últimos tres años, hemos caracterizado muchos de estos ARN no codificantes. Estamos utilizando un análisis computacional en profundidad para comprender la complejidad de la vida.

Pero, por supuesto, ninguno de estos se puede lograr por sí solo. Y este es realmente un gran proyecto y se requiere todo un esfuerzo global. Para lograrlo, hemos iniciado un consorcio internacional llamado "FANTOM6". Es un consorcio de científicos de todo el mundo, con el objetivo de construir el catálogo más completo de estos ARN largos no codificantes. El consorcio está formado por cientos de científicos de todo el mundo, de Estados Unidos, Alemania, Reino Unido y Australia. Y para mí es un verdadero honor codirigir este consorcio junto con los Dres. Piero Carninci y Michiel de Hoon en el Instituto RIKEN. Tenemos muchas actividades por delante y estamos encantados de ser parte de este viaje.

Recorrimos un largo camino desde el momento en que etiquetamos estos ADN: "Basura". Pero ahora, realmente estamos comenzando a redefinir el significado del ADN. A través del descubrimiento de nuevos ARN no codificantes, estamos entrando en un mundo completamente nuevo al que nadie ha ido antes. Mi sueño es que este catálogo de ARN no codificante sea el bloque de construcción que pueda generar una nueva inspiración en espiral y que ayude a mejorar nuestra salud y brinde nuevas soluciones para curar enfermedades. Gracias por su atención. (Aplausos)


¿Cuál es la palabra más larga en inglés?

Es poco probable que encuentre estas palabras en un uso genuino: generalmente se brindan como respuestas a preguntas sobre las palabras más largas en el idioma inglés. Sin embargo, en términos de tamaño, la palabra más larga que se encuentra en Gran Bretaña es el topónimo galés. Llanfairpwllgwyngyllgogerychwyrndrobwllllantysiliogogogoch. Por razones obvias, generalmente se abrevia como Llanfair PG.

El histórico de 20 volúmenes Diccionario de ingles Oxford incluye otras palabras muy largas, la mayoría de las cuales son muy técnicas. Éstos incluyen:

  • otorrinolaringológico - 22 letras
  • inmunoelectroforéticamente - 25 letras
  • psicofísica - 25 letras
  • tiroparatiroidectomizado - 25 letras
  • neumoencefalográficamente - 26 letras
  • radioinmunoelectroforesis - 26 letras
  • psiconeuroendocrinológico - 27 letras
  • hepaticocolangiogastrostomía - 28 letras
  • espectrofotofluorométricamente - 28 letras
  • pseudopseudohipoparatiroidismo - 30 letras

La gente a veces pregunta si una cadena de ADN se puede considerar como la palabra más larga en inglés, dado que puede tener miles de letras. La respuesta es no: se consideran nombres químicos en lugar de palabras genuinas en el sentido de elementos significativos del vocabulario. Lo mismo ocurre con los nombres formales de los compuestos químicos. Estos pueden tener una longitud casi ilimitada (por ejemplo, aminoheptafluorociclotetrafosfonitrilo, (40 letras) y muchos contienen números, letras romanas y griegas y otros símbolos, así como letras ordinarias. No solemos considerar estos términos como "palabras" adecuadas.


Genes

4.2.3.1.2.2 Empalme

La transcripción primaria contendrá tanto intrones como exones. Al convertirse en un ARNm maduro, la célula eliminará los intrones mediante un proceso conocido como empalme. La figura 4.20 muestra el proceso con dos niveles de detalle. En el lado izquierdo de la figura, se puede ver que un residuo de adenilato específico se lleva al borde 5 'del intrón. La hidrólisis en el borde 5 'es seguida inmediatamente por la creación de un nuevo enlace fosfodiéster entre el intrón fosfato 5' expuesto y el carbono 2 'en la ribosa del residuo de adenilato. Esto crea una estructura de bucle en el intrón. El hidroxilo 3 'recién creado al final del exón anterior está disponible para formar un enlace fosfodiéster con el fosfato 5' del exón siguiente después de que otra reacción hidrolítica libere el intrón. El intrón se libera del pre-ARNm como una estructura de bucle con una cola, como estructura conocida como lazo.

Figura 4.20. Empalme o eliminación de intrones del ARN eucariota. La figura muestra la eliminación de dos intrones en diferentes niveles de detalle. Se coloca un residuo de adenilato específico en las proximidades del borde 5 'del intrón, donde se utilizan la hidrólisis y la recreación de un enlace fosfodiéster para eliminar el intrón como un lazo. El lado derecho de la figura muestra el mismo proceso, pero en presencia de snRNP, que son esenciales en la formación del espliceosoma.

El acto de empalmar intrones como lariats es un proceso muy complejo, mediado por más de 50 proteínas y 5 moléculas de ARN adicionales. Las cinco moléculas de ARN, U1, U2, U4, U5 y U6, se conocen como pequeños ARN nucleares (snRNA). Cada snRNA tiene & lt 200 nucleótidos de longitud y participa en el reconocimiento de los límites intrón / exón así como en la remodelación de los enlaces fosfodiéster. Sin embargo, no funcionan solos y se asocian con varias proteínas para crear complejos conocidos como pequeñas ribonucleoproteínas nucleares (snRNPs). Los snRNP se unen para formar la estructura conocida como espliceosoma. El lado derecho de la Figura 4.20 muestra algunas interacciones básicas entre los snRNP. Primero, el nucleótido de adenina del punto de ramificación es reconocido por la proteína de unión del punto de ramificación y un péptido auxiliar (no mostrado), que reclutan snRNP U2 al sitio. Al mismo tiempo, snRNP U1 identifica y se asocia con el borde aguas arriba entre el intrón y el exón adyacente. Los otros tres snRNP (U4 / U6-U5) se involucran como una unidad para ayudar a llevar el sitio de empalme 5 'al punto de ramificación y facilitar la hidrólisis con la ayuda de proteínas y ATP adicionales. Durante el proceso, hay reordenamientos y disociaciones de snRNP en el espliceosoma, lo que da como resultado que solo los snRNP U2, U5 y U6 permanezcan con el lazo cuando se libera.


Detectando variación estructural

Si bien las lecturas cortas funcionan bien para la identificación de variantes de un solo nucleótido (SNV) y pequeñas inserciones y deleciones (indeles), no son adecuadas para la detección de cambios de secuencia más grandes [73]. Denominadas colectivamente variantes estructurales (SV), inserciones, deleciones, duplicaciones, inversiones o translocaciones que afectan ≥ 50 pb [74] son ​​más susceptibles de secuenciación de lectura larga [75, 76] (figura 1c). Debido a estas limitaciones técnicas del pasado, históricamente las variantes estructurales han sido subestimadas a pesar de ser una fuente importante de diversidad entre genomas y relevante para la salud humana [77, 78].

La capacidad de lecturas largas para abarcar elementos repetidos o regiones repetitivas proporciona anclas únicas que facilitan el ensamblaje de novo y las llamadas SV [73]. Incluso las lecturas SMRT relativamente cortas (5 kb) pueden identificar variantes estructurales en el genoma humano que anteriormente no eran detectadas por las tecnologías de lectura corta [79]. Obtener una cobertura profunda de genomas del tamaño de un mamífero con lecturas largas sigue siendo costoso, sin embargo, una cobertura modesta puede ser suficiente: Se ha demostrado que la secuenciación SMRT de 8,6 × [14] y la secuenciación de nanoporos de 15-17 × [80, 81] son ​​eficaces para detectar variantes patógenas Inhumanos. La heterocigosidad o el mosaicismo aumentan naturalmente los requisitos de cobertura.

La evaluación del rendimiento de los llamadores de SV de lectura larga es complicada por el hecho de que los conjuntos de datos de referencia pueden carecer de SV en su anotación [73, 77], especialmente cuando se trata sólo de lecturas cortas. Por lo tanto, la validación de nuevas variantes debe realizarse a través de otros métodos. El desarrollo de puntos de referencia sólidos es un esfuerzo continuo [82], al igual que el diseño de soluciones para visualizar variantes complejas en fases para la evaluación crítica [82, 83].

Para obtener más detalles sobre la llamada de variantes estructurales a partir de datos de lectura larga, remitimos al lector a dos revisiones recientes: Mahmoud et al. [73] y Ho et al. [77].


Discusión

Anotación de pseudogén

En este estudio, describimos un conjunto de pseudogenes humanos a escala de todo el genoma. El conjunto de datos de pseudogenes se crea mediante anotación manual con la ayuda de tuberías computacionales. El conjunto encuestado de 11.216 pseudogenes de consenso es el primer esfuerzo integral de anotación manual de pseudogenes humanos en todo el nivel del genoma.

Pseudogenes y sus padres

Combinamos la anotación manual y los datos de identidad de secuencia para identificar genes parentales para aproximadamente el 86% de los pseudogenes (9,636 de 11,216). El número de genes que codifican proteínas asociados con pseudogenes no se distribuye de manera uniforme: algunos genes de mantenimiento, como los que codifican proteínas ribosómicas y GAPDH, se encuentran entre los padres que tienen más pseudogenes.

La identidad de secuencia entre los pseudogenes y sus padres es de interés para los estudios de la evolución de los pseudogenes y la función reguladora. Encontramos una distribución unimodal de similitud de secuencia entre pseudogenes procesados ​​y padres, lo que refleja un estallido reciente de pseudogenes procesados ​​en la historia evolutiva humana (Figura 4). En contraste, la distribución uniforme de similitud de secuencia entre pseudogenes duplicados y padres indica que el proceso de duplicación es aleatorio y ocurre a un ritmo estable durante la evolución del genoma.

Transcripción de pseudogenes y especificidad tisular

Varios estudios recientes han destacado el hecho de que los pseudogenes pueden desempeñar funciones activas a través de sus productos de ARN [50]. Utilizando una gran variedad de datos biológicos y modelos estadísticos, predecimos que al menos el 9% de los pseudogenes presentes en el genoma humano se transcriben activamente. Observamos que aunque existen más pseudogenes procesados ​​que pseudogenes duplicados (8248 versus 2127) en el genoma humano, la relación entre ellos no se mantiene en los transcritos (520 versus 343). Los pseudogenes duplicados se enriquecen significativamente en la lista transcrita (PAG-valor cercano a 0). Esto es de esperar ya que los pseudogenes duplicados pueden retener las regiones promotoras de sus padres cuando se duplican, a diferencia de los pseudogenes procesados ​​que se insertan aleatoriamente en el genoma y, por lo tanto, requieren la presencia de secuencias reguladoras potenciales en las ubicaciones genómicas vecinas.

Conservación de pseudogenes

La alta identidad de secuencia entre los pseudogenes y sus padres no implica necesariamente una presión de selección sobre los primeros, ya que puede deberse a eventos de pseudogeneización recientes en los que un pseudogen aún tiene que acumular mutaciones de deriva neutra. Por lo tanto, para comprender mejor la presión de selección sobre los pseudogenes, comparamos el CDS del pseudogén y la identidad de secuencia 3 'UTR con sus regiones parentales correspondientes. El análisis de secuencia destaca un grupo de pseudogenes que muestran una presión evolutiva diferencial en las dos regiones. Además, el análisis de los datos de polimorfismo humano y la conservación de pseudogenes muestra una señal débil potencial para la selección de pseudogenes transcritos. En general, identificamos una serie de pseudogenes bajo restricción evolutiva. Combinada con datos de transcripción, esta lista contiene pseudogenes con función biológica potencial y puede actuar como una buena referencia para análisis experimentales adicionales.

Actividad parcial de pseudogenes

Hemos integrado una gran cantidad de datos genómicos funcionales de todo el genoma, junto con datos de expresión y conservación, para crear un recurso de anotación de pseudogén, psiDR. Esto nos permite examinar exhaustivamente la actividad de los pseudogenes desde diferentes perspectivas, como la transcripción, la regulación y la evolución. Encontramos una serie de pseudogenes que muestran actividad y, lo que es más interesante, un grupo de pseudogenes que exhiben diversos rangos de actividad parcial. Los pseudogenes parcialmente activos se definieron mediante una serie de modelos simples basados ​​en la evidencia de transcripción, el estado de la cromatina, la hipersensibilidad a la DNasaI, los elementos reguladores aguas arriba y la presión de selección. Diferentes combinaciones de esas características llevaron a la caracterización de los pseudogenes como parcialmente activos. Se puede especular que la actividad parcial puede corresponder al proceso de resurrección de un pseudogen como un ncRNA o que está en proceso de morir y perder su función. Creemos que los diversos pseudogenes parcialmente activos proporcionan un rico recurso informativo para ayudar a comprender la función y la evolución de los pseudogenes.

Uno de los aspectos clave en la definición de los pseudogenes parcialmente activos es su región reguladora aguas arriba. La presencia o ausencia de elementos reguladores es esencial para comprender la etapa evolutiva de los pseudogenes parcialmente activos. Por ejemplo, se cree que un pseudogén que muestra promotores activos y TFBS pero que carece de evidencia de transcripción es un gen 'moribundo', mientras que un pseudogen con elementos ascendentes marcadamente diferentes en comparación con su gen original pero que muestra evidencia de transcripción se considera potencialmente 'resucitado' . En el presente artículo definimos los pseudogenes parcialmente activos basados ​​en varias características genómicas: TFBS, marcas de histonas, accesibilidad del ADN, etc. Sin embargo, esperamos que los futuros conjuntos de datos de genómica funcional completen los perfiles de actividad de los pseudogenes. En particular, la integración de la metilación del ADN, el posicionamiento de los nucleosomas, el análisis de interacción de la cromatina mediante secuenciación de etiquetas de extremos emparejados (ChIA-PET) y la secuenciación de alto rendimiento de ARN aislado por reticulación de inmunoprecipitación (HITS-CLIP) proporcionarán una adición útil a los conjuntos de datos. CODIFICAR recurso pseudogénico.

En conclusión, al integrar la anotación de pseudogén GENCODE, datos genómicos funcionales extensos de ENCODE y los datos de variación del proyecto 1000 Genome, proporcionamos un recurso completo para la anotación y actividad de pseudogen en el genoma humano. Este recurso nos ha permitido clasificar pseudogenes con diversos atributos, lo que permitirá a los investigadores interesados ​​identificar pseudogenes expresados ​​con función potencial. Estudios recientes han demostrado las diversas formas en que los pseudogenes regulan la expresión de genes que codifican proteínas y han subrayado la importancia de identificar pseudogenes funcionales. Creemos que este recurso proporciona datos que pueden utilizarse para realizar más investigaciones en esta dirección. En particular, es útil para comprender el papel regulador de los pseudogenes, especialmente en el cáncer y otros procesos de desarrollo. La anotación completa de pseudogenes humanos también permite su comparación con pseudogenes de otros organismos modelo, como ratones, gusanos, moscas y berros, que pueden proporcionar información valiosa sobre la evolución del genoma.


La palabra más larga del mundo tiene 189.819 letras, se tarda 3,5 horas en pronunciar (¡ahora con pronunciación en vídeo!)

Nota: Puede descargar un archivo de texto de 65 KB de la palabra completa de 189,819 letras AQUÍ.

Este es un video de un tipo que pronuncia la palabra más larga del mundo, que es el nombre químico de titán (también conocido como connectin), una proteína humana y la proteína más grande conocida. Brobro tarda 3 horas y 33 minutos en pronunciar todo, y parece que asiente varias veces en el proceso. Además, esa planta en maceta en su escritorio muere. A decir verdad, podría haber estado murmurando todo el tiempo, porque así es como suena. Eso, o hablar en lenguas. O lanzar un hechizo para dormir. Cualquiera que sea el caso, no puedo recomendar verlo todo a menos que realmente quieras saber si es posible morir de aburrimiento.

Da el salto para ver el video si estás cansado de ver cómo se seca la pintura y estás listo para una verdadera emoción en tu vida.

Gracias a bb, el nombre de quién podría ser literalmente solo una letra más corto antes de ser solo un espacio en blanco.


¿Cuál es la transcripción más larga conocida? - biología

Sábado 13 de febrero de 1993
1993 Reunión anual de la Asociación Estadounidense para el Avance de la Ciencia, en el simposio & quot El nuevo antievolucionismo & quot


Eugenie Scott: Nuestro próximo orador es el Dr. Michael Ruse, del Departamento de Filosofía de la Universidad de Guelph en Ontario. Creí haberlo visto hoy un poco antes. Michael, hola. Michael está haciendo un par de sesiones hoy, ha estado muy ocupado. Y estamos muy contentos de que él también haya podido hacer el nuestro.

Michael Ruse es un filósofo de la ciencia, particularmente de las ciencias evolutivas. Es casi una persona que no necesita presentación en este contexto. Es autor de varios libros sobre el darwinismo y la teoría de la evolución, incluido un análisis del creacionismo científico titulado ¿Pero es ciencia? No. No creo que haya estropeado la trama. Quiero decir, te recomendaría que leyeras este libro, es bastante bueno. Pero esa es su conclusión. Hoy hablará sobre la "Antievolución no literalista". ¿Michael? ¿Quieres más luz?

[El podio del orador está oscuro.]

Ruse: Es la primera vez que doy una conferencia literalmente en la oscuridad, en lugar de solo metafóricamente. En realidad, el título de mi libro ¿Pero es ciencia ?, la controversia sobre la evolución y la creación, tiene la intención de plantear la pregunta sobre la evolución y el creacionismo y, de alguna manera, ese es el tema de lo que quiero decir hoy. Me he dado cuenta de que estamos avanzando, así que no voy a decir mucho en absoluto, pero voy a arrojar una o dos ideas, que, en palabras del padre Huddleston, quien por supuesto consiguió ellos de otro lugar, & quot; confío en que no sean para su comodidad & quot.

[El micrófono se acerca a Ruse.]

Dios, no solo estoy en la oscuridad, ¡tengo esta maldita gran cosa pegada a mi cara también! Incluso si puedes verme, no puedo verte más. Hable aquí sobre el diseño no inteligente. Tenía la intención de venir, cuando me pidieron que participara en este coloquio, tenía la intención de venir y hablar sobre el libro del abogado de California Phillip Johnson, el título del libro que me alegro de decir se me ha escapado. justo por el momento. Darwin en juicio, está bien. Lo que sucedió fue que me pidieron que revisara el libro de Phillip Johnson hace un par de años, y fue un ejercicio de qué no hacer, desde mi punto de vista, qué no hacer si eres un crítico de libros. Es decir, si escribe una reseña tan crítica de un libro, el editor que ha encargado la reseña podría mirar su reseña y decir, obviamente, ese libro es tan pésimo que no creo que valga la pena hablar de él en nuestra revista. Y eso es lo que pasó con mi reseña de Phillip Johnson.Se convirtió en una no revisión, no creo que en ningún sentido porque estuviera siendo censurado, sino simplemente porque el editor, el editor de reseñas de libros, dijo, bueno, francamente, tengo muchos más libros interesantes de los que podríamos hablar, así que lo soltaremos.

De hecho, cuando leo el libro de Phillip Johnson, quiero decir, en un nivel, es un trabajo muy impresionante. Phillip Johnson es, sin duda, creo que es un muy buen abogado, tiene una buena mente jurídica y hace un buen trabajo de empaquetado. Creo que cuando miras, cuando profundizas, comienzas a ver muchos de los mismos tipos de temas y las ideas que surgen y que han sido expresadas, quizás más crudamente, digámoslo, por algunos de los amigos. que han sido mencionados anteriormente, personas como Duane Gish y Henry Morris. Como todos los que leen un libro y escriben algo ellos mismos, busqué mi propio nombre en el índice primero, y luego fui a los pasajes que se refieren a mí, y gracias a Dios, no es solo Stephen Jay Gould quien está siendo referido. Hasta estos días, pero hubo un par de comentarios sobre mí, lamentablemente en notas a pie de página. Y pude convencerme bastante fácilmente de que, de hecho, Phillip Johnson estaba jugando casi el mismo truco que todos los demás. Se me citó por presentar algunas opiniones darwinianas sociales bastante duras, en Alemania Oriental, de todos los lugares, un país que, como ustedes saben, ya no existe. Y, de hecho, afortunadamente, los comentarios que había hecho en lo que era Alemania del Este en esos días fueron eliminados y de hecho están impresos. Y fui y verifiqué, y debo decir que no para mi, para mi gran alivio, de todos modos, estaba diciendo exactamente lo contrario de lo que estaba diciendo Phillip Johnson. Quiero decir, soy muy dado a la contradicción, pero, gracias a Dios, esta fue una de esas - gracias a Dios, bueno, gracias a Darwin, de todos modos, como acabamos de escuchar - esta no fue una de esas ocasiones.

Entonces, tenía la intención, como digo, de venir y hablar sobre Phillip Johnson. Lo que pasó entre entonces y ahora, en el camino, fue que hace unos meses algunos evangélicos me invitaron a participar en lo que era una especie de sesión de fin de semana que tenían, y Phillip Johnson y yo nos pusieron cara a cara. Y como siempre encuentro cuando me encuentro con creacionistas o no evolucionistas o críticos o lo que sea, encuentro mucho más fácil odiarlos impresos que en persona. Y, de hecho, descubrí, debo confesar, que Phillip Johnson es una persona muy agradable, con un fondo de historias muy divertidas sobre los jueces de la Corte Suprema, algunas de las cuales incluso pueden ser ciertas, a diferencia de sus afirmaciones científicas. Sí debatimos, y de hecho pensé que teníamos, como otros dijeron después, tanto evolucionistas como no evolucionistas, pensé que teníamos lo que realmente era bastante, y quiero ser bastante justo al respecto, pensé que teníamos un intercambio realmente bastante constructivo. Porque básicamente no hablamos tanto sobre creacionismo. Ciertamente no hablamos mucho sobre sus argumentos particulares en su libro, o los argumentos que he presentado en Darwinism Defended, o este tipo de cosas.

Pero hablamos mucho más sobre toda la cuestión de la metafísica, toda la cuestión de las bases filosóficas. Y lo que Johnson estaba argumentando era que, en cierto nivel, el tipo de posición de una persona como yo, un evolucionista, se basa metafísicamente en algún nivel, tanto como el tipo de posición de, digamos, alguien, algún creacionista, alguien como Gish o alguien así. Y hasta cierto punto, debo confesar, en los diez años desde que actué, o aparecí, en el juicio del creacionismo en Arkansas, debo decir que yo mismo he estado llegando a este tipo de posición. Y, de hecho, cuando pensé por primera vez en armar mi colección ¿Pero es ciencia ?, creo que Eugenie tenía razón, me incliné a decir, bueno, sí, el creacionismo no es ciencia y la evolución lo es, y eso es todo. , y sabes que solo estás tratando de demostrarlo.

Ahora estoy empezando a sentir - no soy más creacionista ahora de lo que nunca lo fui, y no soy menos evolucionista ahora que alguna vez lo fui - pero me inclino a pensar que deberíamos movernos. nuestro debate ahora a otro nivel, o seguir adelante. Y en lugar de simplemente ... quiero decir, me doy cuenta de que cuando uno está tratando con personas, digamos, a nivel escolar, o este tipo de cosas, ciertos tipos de argumentos son apropiados. Pero aquellos de nosotros que somos académicos, o por otras razones retrocediendo y tratando de pensar en estas cosas, creo que deberíamos reconocer, histórica y quizás filosóficamente, ciertamente que el lado de la ciencia tiene ciertos supuestos metafísicos incorporados al hacer ciencia, que Puede que no sea bueno admitirlo en un tribunal de justicia, pero creo que, honestamente, deberíamos reconocerlo, y deberíamos estar pensando en algunas de estas cosas.

Ciertamente, creo que los filósofos como yo hemos estado mucho más sensibilizados a estas cosas, durante los últimos diez años, por las tendencias y los vientos y cualquiera que sea la metáfora correcta, en la filosofía de la ciencia. Que nos hemos dado cuenta, gracias a las críticas de los marxistas y feministas --las críticas de los historiadores y sociólogos y otros-- de que la ciencia es una empresa mucho más idealista, en el sentido a priori, de lo que se habría obtenido al leer los positivistas lógicos, o incluso los grandes filósofos. Gente como Popper, Hempel y Nagel, de los años cincuenta y sesenta, que fue cuando mi generación entró en el campo y empezó a crecer.

Ciertamente, históricamente, si miras, digamos, la teoría de la evolución, y por supuesto que esto fue sacado a relucir, creo que bastante bien por la charla que tengo ante mí, ciertamente ha sido el caso de que la evolución ha funcionado, si no como una religión como tal. , ciertamente con elementos afines a una religión secular. Aquellos de nosotros que enseñamos filosofía de la religión siempre decimos que no hay forma de definir la religión por una condición prolija, necesaria y suficiente. Lo mejor que puede hacer es enumerar una serie de características, algunas de las cuales tienen todas las religiones, y ninguna de las cuales es religión, cualquiera que sea la forma en que la exprese. Y ciertamente, no hay duda al respecto, que en el pasado, y creo que también en el presente, para muchos evolucionistas, la evolución ha funcionado como algo con elementos que son, digamos, similares a ser una religión secular.

Pienso, por ejemplo, en la familia más famosa de la historia de la evolución, a saber, los Huxley. Pienso en Thomas Henry Huxley, el abuelo, y en Julian Huxley, el nieto. Ciertamente, si lees a Thomas Henry Huxley, cuando está en pleno vuelo, no hay duda de que para Huxley, en un nivel muy importante, la evolución y la ciencia en general, pero ciertamente la evolución en particular, está funcionando un poco como una especie de religión secular. Curiosamente, Huxley, y he revisado sus propias conferencias, he revisado dos juegos completos de notas de conferencias que Huxley les dio a sus estudiantes, Huxley nunca habló sobre la evolución cuando en realidad estaba enseñando. Mantuvo la evolución para asuntos como este, y cuando hablaba a un nivel mucho más popular. Ciertamente, sin embargo, como digo, para Thomas Henry Huxley, no creo que haya ninguna duda de que la evolución funcionó, en cierto nivel, como una especie de religión secular.

Y no hay duda de que para Julian Huxley, cuando lees Evolución, la síntesis moderna, Julian Huxley vio la evolución como una especie de cosa progresiva hacia arriba. Creo que Julian Huxley era ciertamente un ateo, pero al mismo tiempo era una especie de neovitalista, y relacionó esto con su ciencia. Si miras tanto su material impreso como si vas a la Universidad Rice, que tiene todos sus papeles privados, una y otra vez en las cartas, se ve con mucha fuerza que para Julian Huxley la evolución estaba funcionando como una especie de religión secular. .

Creo que esto, y no lo digo ahora particularmente en un sentido crítico, solo lo digo en un sentido práctico, creo que hoy también, para más de un eminente evolucionista, la evolución en cierto modo funciona como una especie de religión secular. Y permítanme mencionar a mi amigo Edward O. Wilson. Ciertamente, creo que si miras algunas de las cosas que causaron mucha controversia en la década de 1970, lo interesante no es tanto el hecho de que Wilson estaba hablando de tratar de incluir a los humanos en el escenario evolutivo. Todo el mundo estaba haciendo eso. No era tanto el hecho de que estuviera usando lo que ahora se llama lenguaje sexista, como & quot; Hombre & quot; porque fui a ver el libro de Richard Lewontin, que publicó un año antes que Wilson, y en el índice dice & quot; Homo sapiens, ver 'Hombre' '' - así que, quiero decir, todos estábamos cometiendo ese tipo de error, como ahora se juzga. Pero ciertamente, si nos fijamos, por ejemplo, en On Human Nature, Wilson es bastante categórico acerca de querer ver la evolución como el nuevo mito y todo tipo de lenguaje como este. Que para él, en cierto nivel, está funcionando como una especie de sistema metafísico.

Entonces, como digo, históricamente creo que, sin embargo, vamos a tratar con el creacionismo, o el nuevo creacionismo, o este tipo de cosas, ya sea que piensen que esto es, que lo que acabo de decir significa que nosotros ' Será mejor que ponga nuestra casa en orden, o lo que sea; creo que al menos debemos reconocer los hechos históricos. Creo que también, y voy a hablar muy, muy brevemente, porque el tiempo es muy corto, creo que también deberíamos mirar la evolución y la ciencia, en particular, la biología, generalmente filosóficamente, creo que de manera mucho más crítica, y No digo negativamente, por favor entiéndalo, creo que de manera mucho más crítica de lo que estábamos haciendo hace diez años. Sensibilizados, digo, por el trabajo de los constructivistas sociales y otros, historiadores, sociólogos y este tipo de personas.
Y me parece muy claro que en un nivel muy básico, la evolución como teoría científica se compromete con una especie de naturalismo, es decir, que en algún nivel uno va a excluir los milagros y este tipo de cosas, pase lo que pase. Ahora, podrías decir, ¿significa esto que es solo una suposición religiosa? ¿Significa esto que es irracional hacer algo como esto? Yo diría muy firmemente que no lo es. En cierto nivel pragmático, la prueba del pudín está en comer. Y que si ciertas cosas funcionan, sigues con esto y que no cambies a mitad de camino, y así sucesivamente. Creo que, de hecho, se puede defender un enfoque científico y naturalista, incluso si se reconoce que esto incluye una suposición metafísica de la regularidad de la naturaleza, o algo por el estilo.

Entonces, como digo, creo que uno puede defenderlo como razonable, pero no creo que ayude a la importancia al negar que uno lo está haciendo. Y creo que una vez que uno ha hecho tal suposición, uno tiene poderes perfectos para recurrir a, digamos, la ciencia de la creación, que también afirma ser naturalista, y señalar que está mal. Creo que uno tiene todo el derecho de demostrar que la teoría de la evolución en diversas formas parece ciertamente ser la posición más razonable, una vez que se ha adoptado una posición naturalista. Así que no voy a venir aquí y decir, renuncien a la evolución, ni nada por el estilo.

Pero vengo aquí y digo, creo que filosóficamente uno debería ser sensible a lo que creo que muestra la historia, es decir, esa evolución, tanto como la religión, o al menos, dejar `` tanto '', déjame dejar eso. frase: la evolución, similar a la religión, implica hacer ciertos supuestos a priori o metafísicos, que en algún nivel no se pueden probar empíricamente. Supongo que todos lo sabíamos, pero creo que ahora todos somos mucho más sensibles a estos hechos. Y creo que la manera de lidiar con el creacionismo, pero la manera de lidiar con la evolución también, no es negar estos hechos, sino reconocerlos y ver a dónde podemos ir, a medida que avanzamos desde allí.

Bueno, he sido muy breve, pero ese fue mi mensaje, y creo que es importante.

[Hay un silencio momentáneo.]

Ruse: ¡Estado de shock! Sí, Ed Manier. [Manier es miembro de la facultad de la Universidad de Notre Dame, en el Departamento de Historia y Filosofía de la Ciencia].

Manier: Bueno, felicitaciones. Quiero decir, te tomaste menos tiempo que Bill Clinton. Creo que tal vez no del todo. Pero hiciste un comentario sobre Stephen Gould. Anteriormente hice un comentario sobre Stephen Gould. Creo que quizás haya algún sentido en el que usted y Stephen no estén de acuerdo, ya sea científica o metafísicamente. Me pregunto si podría comentar sobre eso.

Ruse: ¿Que estamos de acuerdo o en desacuerdo?

Manier: Eso no está de acuerdo. Siempre me interesa más el desacuerdo.

Ruse: Ciertamente creo que Steve Gould y yo, ciertamente no estamos de acuerdo sobre la naturaleza de la evolución, no hay duda al respecto. En cierto nivel, soy un darwinista de línea dura. Eso significa que estoy en algún lugar a la derecha del Archidiácono Paley cuando se trata de diseño. Quiero decir, cuando te miro, incluso a ti, Ed, cuando te miro incluso a ti, ya estoy especulando por qué tienes la cabeza calva y, ya sabes, por qué esto te hace sexualmente atractivo, etc. Entonces, quiero decir, sí, mientras que creo que Gould cae mucho en la otra tradición Naturphilosophie, mucho más germánica, que enfatiza la forma sobre la función. No creo que haya ninguna duda al respecto. Y en cierto nivel, me inclinaría a decir que estos son, si se quiere, supuestos metafísicos, paradigmas o algo así, restricciones a priori que estamos imponiendo a las formas en que miramos el mundo. y todo ese tipo de cosas. Ciertamente, en ese nivel, diferimos.

¿En qué más nos diferenciamos? Gould dice que él piensa que la ciencia es simplemente, ya sabes, un reflejo desinteresado de la realidad, y de nuevo también diferimos. Pero, por supuesto, la cosa es que Gould, aunque niega ser marxista o algo así, ciertamente si miras el trabajo de Gould, por ejemplo, cuando elogia cosas, incluso aparte de cuando critica cosas, creo que Gould ... tanto como cualquiera, más que la mayoría, ha sido durante mucho tiempo sensible al hecho de que la ciencia implica una especie de suposición metafísica. Utilizo la palabra "metafísico" porque no veo la palabra "metafísico" como una mala palabra. Como si no considerara la "teleología" una mala palabra. Él puede, ya sabes, puede decir muy fervientemente que no me llames metafísico, pero sospecho que estamos de acuerdo, como sea que llamemos los términos. Quiero decir, el problema es que la metafísica, ya sabes, la gente piensa en la metafísica y los idealistas escoceses y hegelianos y todo ese tipo de cosas. Así que puede que no quiera usar mi idioma. Pero sospecho que acerca de la naturaleza de la ciencia, sospecho, pero pregúntele a él, sospecho que no diferimos en eso. Pero diferimos acerca de cómo queremos cobrarlo en el ámbito evolutivo real.

Manier: Bueno, si pudiera seguir con eso, por un minuto, él podría ser más un Naturphilosoph que tú. Y quizás, aunque sospecho que lo niegas en casi todos los contextos, más romántico que tú. Pero me pregunto

Ruse: ¿Cómo puedes decir eso de mí? Después de las cosas que dijiste anoche tomando unas copas, pero sigue ...

Manier: Hiciste referencia a mi calvicie y soy sensible al respecto.

Ruse: Estaba tratando de darle una función adaptativa. Está bien, no creo que sea un error. Quiero decir, sabes, creo que Dios lo diseñó de esa manera. Seguir.

Manier: Pero dices eso de todo.

Ruse: Eso es correcto. Estoy en algún lugar a la derecha del Archidiácono Paley en esto, realmente lo estoy.

Manier: Bueno, perdóname si no me siento halagado. Lo que me da curiosidad es hasta qué punto su charla sugiere una estrategia a la Sociedad Nacional de Profesores de Ciencias para tener algo así como un enfoque pluralista de estos temas. Es decir, una cosa es ser sarcástico con ellos:

Ruse: Sí, creo que ese es un punto bien tomado. El problema es, ya sabes, Ed, quiero decir, todo el mundo, quiero decir, el problema es que estamos equilibrando, estamos tratando de hacer malabares con tantas pelotas en el aire.

Por un lado, estamos tratando de hacer algo de filosofía. Otra pelota es intentar ser profesores de ciencias, tanto a nivel universitario, pero más particularmente, a nivel escolar. En otro nivel, tenemos los hechos políticos reales, de cómo se lucha contra las juntas escolares y ese tipo de cosas. En otro nivel, tienes las cuestiones legales de, sabes, tus leyes son diferentes de las mías, por ejemplo. En Canadá no tenemos una Constitución de ese tipo. O al menos, tenemos una Constitución que tiene una cláusula de comadreja, ya sabes, "en una sociedad democrática y justa", lo que significa que todo puede ser alterado, si quieren, y a menudo lo es.

Entonces, quiero decir que tienes todo este tipo de problemas, y soy muy sensible al hecho de que si un filósofo prueba, digamos, ideas y piensa ese tipo de cosas, la gente bien podría decir, bueno, espero hacerlo. Dios, no digas esto afuera en público, porque vamos a tener problemas con la tercera o cuarta pelota, y soy muy sensible a eso.

Y, hasta cierto punto, creo que personalmente durante muchos años he usado, hasta cierto punto, la autocensura, ya sabes, básicamente, no hablo demasiado en este tipo de líneas. Pero al mismo tiempo, no estoy seguro de que el camino a seguir sea simplemente no pensar en las cosas filosóficamente o responder a las ideas, o decir, bueno, Dios, me parece muy interesante lo que dicen los constructivistas sociales, pero, por Dios, Será mejor que no crea ni acepte nada de esto, porque nos va a meter en problemas a nivel de la junta escolar. Quiero decir, eso es una tensión. Pero creo que de alguna manera, me parece, bueno, tal vez dos errores no hacen un bien o hacen un bien. Pero no quiero hacer eso.

Como espero haber dicho al final, no vengo aquí predicando el creacionismo o predicando, ya sabes, algún mensaje de negativismo: la gente se rinde, la filosofía moderna de la ciencia ahora muestra que la ciencia es tanto una religión como la creación. ciencia, así que, francamente, no hay nada que puedan hacer, y si pudiera regresar diez años a Arkansas, lo revertiría todo. Creo que puedes hacerlo. Quiero decir, creo que no puedes hacerlo de una manera entusiasta, directa y neo-popperiana: aquí tenemos la ciencia por un lado, aquí tenemos la religión por el otro lado, la evolución cae por el lado. En el lado de la ciencia, el creacionismo cae en el otro lado y, ya sabes, nunca los dos se encontrarán. Creo que tienes que ir de diferentes maneras, cosas como, como mencioné, el pragmatismo, por ejemplo. Tomando algún tipo de teoría de la coherencia de la verdad, o algo así. Sigo pensando que ciertamente se puede excluir la ciencia de la creación por esos motivos. Ahora, si o no, cómo encaja eso con sus leyes, uno tiene que preguntarle a los abogados, ese tipo de cosas. Ciertamente creo que eso es algo que puedes hacer.

Ruse: Antes de que empieces a aplaudir, me cortará todos los botones y me sacará de la sociedad.

Scott: Ni un poco, pero aún no ha terminado.Voy a tomar la prerrogativa de mi presidente para hacer una pregunta, si se me permite. Me pregunto si sería útil distinguir entre el naturalismo o el materialismo que es necesario para realizar la ciencia como la hacemos en el siglo XX, en contraposición al enfoque baconiano, etc., y distinguir eso de las actitudes filosóficas que nosotros, como individuos, podemos o puede que no tenga respecto al materialismo o al naturalismo. Y quizás algo de esta confusión que encontramos en el nivel práctico, en el nivel de la junta escolar y al tratar con la gente con Johnson, es que Johnson, por ejemplo, confunde estas dos cosas. Él asume que si eres un científico, entonces eres un materialista filosófico, además de un materialista práctico, en la operación de tu trabajo.

Ruse: Oh, sí, creo que ese punto está bien tomado. Creo que para enmendar algunos de los comentarios bastante frívolos que hice, creo que eso es absolutamente cierto. Permítanme terminar diciendo que, aunque me llevé bastante bien con Johnson a nivel personal, sigo pensando que su libro es un trabajo resbaladizo. Y tiene toda la razón en que él, como cualquier abogado, quiere ganar. Ese es el nombre del juego en la ley. Y ciertamente puede obtener puntos cambiando de un lado a otro sobre los significados del naturalismo, o si puede obtener un informe sobre lo que Ed Manier y yo estábamos haciendo, y luego sacarlo de contexto, no tengo ninguna razón para pensar que él no haría ese tipo de cosas. No me malinterpretes. No estoy diciendo, no estoy negando el poder o la importancia del tipo de cosas que está haciendo, o la importancia de combatir ese tipo de cosas.

Lo que estoy diciendo, sin embargo, y me sentaré ahora, es que no creo que vayamos - bueno, no sé si vamos a servir - quiero decir, lo fácil es no vamos a cumplir nuestro propósito - permítanme simplemente decir que yo, como filósofo de la ciencia, estoy preocupado por lo que creo que eran actitudes neopositivistas bastante crudas que tenía sobre la ciencia, incluso hace diez años. , cuando estaba peleando en Arkansas. Esto no significa que no quiera defender la evolución, ciertamente lo hago. Pero sí creo que la filosofía de la ciencia, la historia de la ciencia, avanza, y creo que nos corresponde a nosotros, los que tomamos en serio este particular debate sobre el creacionismo y la evolución, ser sensibles a estos hechos y no simplemente poner la cabeza en la arena, y decir, bueno, si nos tomamos este tipo de cosas en serio, nos metemos en serios problemas. Quizás lo somos. Pero no creo que la solución sea simplemente ignorarlos.

Scott: Ahora puedes aplaudir, ha terminado.

Copyright y COPIA 1998 Michael Ruse. Reservados todos los derechos. Derechos de autor internacionales asegurados.
Fecha de archivo: 5.6.98



Comentarios:

  1. Cinnfhail

    I apologize, but in my opinion it is apparent.

  2. Nathanial

    Creo que no tienes razón. Puedo defender la posición. Escríbeme en PM, nos comunicaremos.

  3. Iniss

    bueno, así que voy a echar un vistazo

  4. Amaethon

    Creo que están equivocados. Tratemos de discutir esto.

  5. Gorsedd

    Está usted equivocado. Puedo defender mi posición. Escríbeme por MP.

  6. Caellum

    Creo que no tienes razón. Estoy seguro. Lo discutiremos. Escribe en PM, hablamos.



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