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Coste comparativo de RNA-seq vs secuenciación de cDNA de longitud completa

Coste comparativo de RNA-seq vs secuenciación de cDNA de longitud completa


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Estoy en el proceso de ensamblar y anotar el genoma de un organismo no modelo, usando casi exclusivamente datos de lectura corta (pares de Illumina). El rendimiento es un beneficio obvio de estos datos (alta cobertura a un costo razonable, a pesar de las tasas de error), pero otro beneficio de los datos RNA-seq en particular es que se pueden usar de múltiples formas. Por ejemplo, estoy mapeando las lecturas de RNA-seq en el genoma para estimar la abundancia de transcripciones y hacer un análisis de expresión diferencial, pero también he reunido las lecturas de RNA-seq de novo para usar como evidencia para la anotación del genoma.

Sin embargo, existen limitaciones para el uso de transcripciones derivadas de RNA-seq para la anotación. Los ADNc de longitud completa facilitarían una anotación mucho más fiable. Sin embargo, no tengo intuición sobre el costo relativo, el compromiso de tiempo o la complejidad de extraer y secuenciar ADNc completos frente a la secuenciación de próxima generación. ¿Alguien aquí puede comentar sobre esto?